公務員考績制度改革，引爆行政考試兩院戰火，考試院長關中，堅持3%公務員，考績打丙等的方案，讓閣揆吳敦義無法認同，隔空舌戰了兩天，吳敦義態度變得低調，他表示「該說的已經說了，尊重考試院」，不再回應相關問題，隱約可以感受到，吳敦義的不滿。

為了考績法修正案，3%的丙等考績方案，吳敦義跟關中，行政考試兩院隔空互槓，戰火燒了兩天，吳敦義選擇封口不談，雖然嘴巴說，尊重考試院，但是一講完話掉頭就走，看得出對3%丙等的做法，還是不認同。

而關中的態度，絲毫沒動搖，搬出民意跟總統，關中鐵了心，力推3%丙等改革案，行政考試不同調，就是因為吳敦義認為，硬性規定3%公務員打丙等，只是是齊頭式的平等，不過關中反駁，各機關可以視績效，彈性調整，並非一成不變。

另外吳敦義也提到，3%的規定，怕會淪為打擊異己的工具，不過關中強調，方案中有復審等配套措施，保障公務員的權益，而且接下來，銓敘部將舉辦20十場說明會，蒐集各界意見後，作為制定法案的依據，雖然考試院堅持要改革，不過在行政院反對，以及國民黨的選票考量，雙重壓力之下，改革是不是玩真的，就看考試院，能不能堅持到底。